El transporte marítimo ha sido muy activo desde la segunda mitad del siglo XVIII, el primer puerto en construirse fue Puntarenas en la costa Pacífica, más tarde en el Caribe, entró en funcionamiento Limón.

La actividad portuaria en Costa Rica está regulada, mediante la Ley Nº4786 de Julio de1971, con la creación de la Dirección de Obras Portuarias y Fluviales del Ministerio de Obras Públicas y Transportes (MOPT ). Con relación con los puertos marítimos, el MOPT tiene las siguientes atribuciones :

Planificar, Construir, Mejorar y Mantener los puertos de altura y cabotaje, los sistemas de transbordadores y similares.

La Junta de Administración Portuaria y de Desarrollo de la Vertiente Atlántica (JAPDEVA), es el organismo encargado de administrar los puertos del Caribe de Costa Rica, destacándose como institución de ayuda al desarrollo local. Y el Instituto de Puertos del Pacífico ( INCOP), es la autoridad administrativa de los puertos del Pacífico.

Ambas Instituciones (Japdeva e Incop) están estrechamente relacionadas con el MOPT como ente rector. A través del Decreto Ejecutivo nº 26137-MOPT del 11 de Julio de 1997 se ha reactivado el Consejo Portuario Nacional, adscrito al MOPT, cuyo objetivo fundamental es servir como órgano de coordinación en el nivel superior entre el Poder Ejecutivo y los demás órganos e Instituciones Descentralizadas del Estado que tengan competencia en materia Portuario- Marítima y del Sector empresarial, así como usuarios de los servicios portuarios.

En Costa Rica los puertos marítimos internacionales en la Costa pacífica son:

1) Puntarenas
2) Caldera
3) Quepos
4) Golfito
5) Punta Morales

y en la Costa Atlántica:

Complejo Portuario Limón-Moín.